Piloté par un conseil d’administration et une directrice générale, Christine AVELIN, FranceAgriMer a son siège social à Montreuil sous Bois (93). Trois délégations nationales lui sont rattachées :

• la délégation nationale de Libourne (33), est en charge de l’organisation commune du marché vitivinicole,
• la délégation nationale de La Rochelle (17), accueille un laboratoire d’analyses de céréales,
• la délégation nationale de Volx (04), se consacre aux plantes à parfum, aromatiques et médicinales, ainsi qu’aux productions méditerranéennes, à l’huile d’olive et au riz.

Pour assurer sa mission de concertation au sein des filières agricole et maritime, FranceAgriMer s’appuie sur 11 conseils spécialisés, qui réunissent à intervalles réguliers l’ensemble des professionnels de chacune des filières et les pouvoirs publics. Le fonctionnement des conseils est organisé par la mission Filières, placée auprès de la direction générale.

FranceAgriMer est un organisme payeur, reconnu par les pouvoirs publics, les collectivités territoriales et les professionnels des secteurs agricole, agroalimentaire et de la pêche, tant pour la gestion des aides européennes que nationales. La direction des Interventions est chargée de mettre en œuvre l’ensemble de ces dispositifs de soutien financier.

La direction des Marchés, études et prospective produit ou recueille et traite les données économiques relatives aux différentes filières, les analyse et apporte un éclairage et une aide à la décision. Ses compétences et son expertise dans ce domaine placent FranceAgriMer comme un opérateur tiers de confiance, garant de la transparence et de la neutralité des informations économiques et techniques.

La direction générale dispose également d’une mission des Affaires européennes et internationales, qui appuie la politique d’influence du Ministère de l’agriculture et de l’alimentation ; d’une déléguée aux Industries agroalimentaires et d’une mission d’Audit interne.

En régions, FranceAgriMer dispose de services territoriaux affectés dans les Directions Régionales de l’Alimentation, de l’Agriculture et de la Forêt (DRAAF). Directement en lien avec les producteurs et opérateurs des différentes filières, les agents des régions assurent l’ensemble des missions de contrôle, de traitement des informations et des demandes d’aides qui sont du ressort de l’établissement.

Au total, l’Établissement s’appuie sur près d'un millier d’agents, dont environ les deux-tiers exercent leurs missions au siège.

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